2006年科学网时任总编赵彦受科学时报社委托，密集调研科学网定位和架构，并组建了创业团队。

2006年科学网集中进行了系统开发和早期的内容建设。 

2007年1月18日，科学网对外发布，下设新闻、论坛、博客、分类信息、资料贴吧、科学家、实名举报等频道。 

2007年11月，科学网与爱思唯尔出版公司达成战略合作协议，开设爱思唯尔专区。其合作共建的论文频道上线。 

2008年1月18日，科学网成功改版。  

2008年4月，科学网与科学出版社共同出版第一本科学网博文精选集《智者不惑》。 

2008年7月，科学网助理总编辑何姣出席第三届欧洲科学开放论坛（ESOF）。 

2008年9月，科学网与爱思唯尔合作共建“论文吧”网站。 

2008年9月～12月科学网举办CN域名杯全国首届青年科学博客大赛，来自全国87个科研单位的615名青年科学家参赛，上传博文六千余篇，吸引点击量六十万，四万多人参与了投票。 

2008年10月，科学网科研网址栏目正式上线。 

2009年4月，科学网圈子频道上线。 

2009年5月，科学网分类信息频道升级为人才频道。 

2009年7月，科学网与中国科技大学出版社共同出版第二本科学网博文精选集《流动的科学》。 

2009年7月，科学网图片频道正式上线。 

2009年9月，科学网论坛频道成功升级改版

2009年9月，科学网英文频道成功升级改版。 

2009年11月～1月，科学网举办奥林巴斯杯首届全国共聚焦显微图像大赛。 

2009年11月科学网著名博主、美国哈佛大学教授何毓琦博文精选集《科学人生纵横》由清华大学出版社出版。

2010年1月，科学网会议频道上线。 

2010年4月，科学网开通手机网站。

2010年4月~6月，科学网举办CN域名杯第二届全国青年科学博客大赛，吸引全球170所高校、研究机构的700多位青年科学家参加比赛，组成119支参赛队，博文吸引点击量500余万。

2010年6月，科学网举办奥林巴斯杯全国第二届显微图像大赛。

2010年7月，科学网实验室频道上线。

2010年9月20日，科学网招生频道上线。

2011年1月10日，“2010科学网年度人物”公布。

2011年2月，科学网新闻频道荣获中国互联网站品牌栏目。

2011年4月15日，科学网“小白鼠”研发商讯平台上线。

2011年5月4日，科学网承办“我心中的中国科学院”征文活动。

2011年9月，科学网群组频道上线。

2011年9月22日，科学网第三届顾问博主委员会正式成立。

2012年1月7日，科学网网址频道新版上线。

2012年1月18日，科学网5周年网络晚会举办。

2012年1月18日，中国科学年度人物评选结果揭晓。

2012年1月18日，交友新网站“88楼”正式上线。

2012年3月27日，科学网第四届顾问博主委员会正式成立。

2012年4月1日，CN域名杯第三届全国青年科学博客大赛开始启动。

2012年4月9日，科学网征集签名抵制卷烟技术入选科技奖。

2013年1月，2012中国科学年度人物评选结果揭晓。

2013年1月25日，“科学网大讲堂”栏目上线，饶毅教授首期主讲。

2013年3月 ，联合人民网等举办“我心中的美丽中国”网络调查与梦想征集。

2013年11月，博客新增博文导出、恢复数据功能。

2013年11月，科学网微博测试版上线。

2013年12月，“学术谱系”模块上线。

2013年12月18日，科学网获评“年度影响力行业网站” 。

2013年12月，CN域名杯“科研梦，从这里起步”博客征文大赛奖项揭晓。

2013年12月，科学网七周年博主歌赛举办。

2014年1月，2013中国科学年度人物评选结果揭晓。

2014年2月，博客新增“分享到微博”和“导航管理”功能，基金频道新增基金摘要。

2014年3月，科学网开通官方微信。

2014年6月9日，院士频道上线。

2014年4月，举办奥林巴斯“全国第四届显微图像大赛” 。

2014年6月，科普频道上线。

2014年11月，增设总编辑邮箱。

2014年11月6日，承办2014年中国科技传播论坛分论坛。

2014年11月20日，新闻频道改版上线。

2015年1月，2014中国科学年度人物揭晓。

2015年1月，科学网入驻今日头条。

2015年1月14日，深切缅怀李小文院士 科学网举办网上追思会。

2015年5月，科教微信聚合平台上线。

2015年12月，科学网新浪微博粉丝突破100万。

2016年1月，2015中国科学年度新闻人物揭晓。

2016年1月，科学网手机版改版上线。

2016年7月，论文频道开通投稿功能，开设论文排行榜专栏，论文频道微博上线。

2016年8月，科学网获“2015中国科普网站”评选全国排名第一。

2016年8月，国家自然科学基金项目大数据分析独家发布。

2016年12月，2016中国科学年度新闻人物揭晓。

2017年1月18日，科学网十周年专题上线。

2017年9月，科学网社区系统完成升级 。

2017年12月，2017中国科学年度新闻人物揭晓。

2019年3月，与字节跳动共同推出“DOU知计划”及“DOU知短视频科普知识大赛”。

2019年1月7日，科学网推出“基金问答平台”。

2019年8月1日，科学网小柯机器人频道上线。

2019年12月13日，科学网视频上线。