上世纪90年代以来，洪水、干旱、水质污染、生态环境恶化等问题越来越引起全国人民的关注。党中央、国务院十分重视水资源问题，时任国家主席江泽民曾指出：“水是人类生存的生命线，也是农业和整个经济建设的生命线”。中国工程院紧紧抓住这一关系国计民生的大问题，从民族生存发展和综合国力竞争的高度来研究中国水资源战略，体现了院士们、专家们忧国忧民的责任感和振兴中华的强烈愿望。
从1999年起，以钱正英为首的一批中国工程院院士，联合院外一大批知名专家，连续承担了6项以水资源及区域开发为主题的战略咨询研究项目，取得了丰硕的成果，并得到了国务院主要领导的高度重视，许多战略性及政策性建议被采纳汇入国务院及下属相关部委的决策应用。
水资源系列战略咨询研究，从1999年开始延续到2011年。6个项目既具有针对性、战略性、综合性等共同性质，又根据不同的研究对象而各有特色。它们分别是：中国可持续发展水资源战略研究；西北地区水资源配置、生态环境建设和可持续发展战略研究；东北地区有关水土资源配置、生态与环境保护和可持续发展的若干战略问题研究；江苏省沿海地区综合开发战略研究；新疆可持续发展中有关水资源的战略研究；浙江沿海及海岛综合开发战略研究。
中国工程院组织了覆盖多学科的43位两院院士和近300位院外专家，成立了7个课题组和项目综合组。这7个课题组是：防洪减灾对策研究、水资源评价和供需平衡分析、农业用水与节水高效农业建设、城市水资源利用保护和水污染防治、北方地区水资源配置和南水北调、生态环境建设与水资源保护利用、西部地区水资源开发利用。各课题组下，又设置了有关的专题研究。各课题和专题的参加人员来自不同学科和不同行业，对一些问题带来了不同的观点和意见，因此，各层次的研究过程都体现了交流、沟通、探讨和融合。
项目团队经过反复推敲和修改，最终提出我国水资源的总体战略是：以水资源的可持续利用支持我国社会经济的可持续发展，并建议从8个方面实行战略性的转变，分别为防洪减灾、农业用水、城市和工业用水、防污减灾、生态环境建设、水资源的供需平衡、北方的水资源问题以及西部地区的水资源问题。综合报告还提出，为了实现以上战略转变，必须进行水资源管理体制、水资源投资机制和水价政策等三项改革。
2000年7月，项目综合组在时任国务院副总理温家宝主持的国务院会议上做了汇报。会议以后，国务院把项目综合报告作为国务院的参阅文件下发给各省市、各部委，水利部以文件形式在水利系统转发，有的杂志和报纸也全文刊登，在学术界和社会上产生了一定影响。
为了全面介绍中国可持续发展水资源战略研究的成果，以配合“十五”计划的贯彻落实，项目综合组决定编辑出版《中国可持续发展水资源战略研究报告集》。根据课题研究的情况，全书分9卷出版，《中国可持续发展水资源战略研究综合报告及各专题报告》是第一卷。
温家宝在《中国可持续发展水资源战略研究报告集》的《序》中写道：“本报告集汇集了该项目研究的系列成果，内容丰富，观点鲜明，立意高远，是院士们、专家们多年理论研究和实践经验的总结，对各级政府决策具有重要的参考价值。”